Тя е обвинена в опит за умишлено убийство на новородено. Според прокуратурата през пролетта на 2015 г. по време на нощно дежурство акушерката е пребила почти до смърт 4-дневно момиченце.

Адвокатите на Емилия Ковачева отхвърлят обвиненията и лансират версията, че бебето е било изпуснато случайно след смяната на Ковачева.